Foram concedidas férias para o Ministro Religioso, entretanto, o mensal está sendo calculado de forma integral ao invés de proporcional, como proceder?

Teoricamente não poderá existir Férias para este tipo de trabalhador e por este motivo, o cálculo da Folha não é realizado proporcionalmente mesmo com a existência do cálculo de Férias.

Portanto, o correto seria desfazer o cálculo e gozo das Férias e calcular apenas o Mensal.

Veja inclusive a orientação que consta no MOS, quanto ao evento S-2230:

Portanto ao calcular as Férias, note que as verbas possuem incidências de INSS e FGTS, qual o evento de "salário" não possui e é incompatível com esta Categoria.

Referente ao MOS no totalizador de INSS:

Entretanto, caso mantenha este cálculo no sistema, deverá proceder com alteração manuais necessárias, informando o valor devido na Folha. 

=> Recomendamos que consulte diretamente os orientadores fiscais, para maiores esclarecimentos sobre esta situação, inclusive perante ao eSocial.